18 мая 1703 года флотилия из 30 шлюпок с солдатами Преображенского и Семеновского полков под командованием Петра I одержала первую боевую победу, захватив в устье реки Невы два шведских военных судна — «Гедан» и «Астрильд».
Этот день и принято считать днем рождения Балтийского флота России. Все участники того боя получили специальные медали с надписью «Небываемое бывает».
Для того чтобы закрепиться на Балтике России необходим был сильный, боеспособный флот. Начало ему было положено в 1702-1703 гг. на Сясьской и Олонецкой верфях.
16 (27) мая 1703 г. была заложена Петропавловская крепость и основан Санкт-Петербург, осенью 1703 г. заложен форт Кроншлот — первое укрепление крепости Кронштадт, ставшей с 1724 г. главной базой Балтийского флота. В 1704 г. по чертежам Петра I была заложена Адмиралтейская верфь. Через несколько лет она стала крупнейшей в России и была способна строить самые большие парусные суда; к концу Северной войны на ней было построено до 50 % всех линейных кораблей, являвшихся основной силой Балтийского флота. Часть кораблей для флота была построена в Архангельске, откуда они вокруг Скандинавии своим ходом перешли на Балтику, а часть куплена за границей
В ходе Северной войны при содействии Балтийского флота русскими войсками были взяты: крепость Выборг, порты Ревель (Таллин), Рига, Пернов (Пярну), а также Моонзундские острова. На море Балтийский флот одержал победы в Гангутском сражении в 1714 г., Эзельском бою в 1719 г. и у Гренгама в 1720 г. Россия вступила в Северную войну, имея лишь несколько баркасов, а вышла великой морской державой с первоклассным линейным и галерным флотом.
В 1817 г. на Балтийском флоте появилось первое паровое судно, в 1826 г. первый пароход с артиллерийским вооружением, а в 1848 г. — первый винтовой фрегат. К концу XIX в. в состав Балтийский флота входили: 19 броненосцев, 4 броненосца береговой обороны, 4 броненосных крейсера и 39 миноносцев. Корабли Балтийского флота участвовали в многочисленных научных экспедициях, в ходе которых были открыты и описаны десятки островов, проливов, бухт (научные экспедиции И. Ф. Крузенштерна и Ю. Ф. Лисянского, Ф. Ф. Беллинсгаузена и М. П. Лазарева, Ф. П. Литке, Г. И. Невельского).
Балтийский флот успешно вёл боевые действия в ходе Первой мировой войны, препятствовал прорыву германского флота в Финский и Рижский заливы.
В годы Великой Отечественной войны Балтийский флот оборонял передовые базы и проводил активные боевые действия на морских путях в Балтийском море.
Приказом Главнокомандующего ВМФ Российской Федерации в декабре 1995 г. 18 мая было объявлено днём создания Балтийского флота и с 1996 г. ежегодно отмечается как День Балтийского флота.
Сегодня старейший флот России представляет собой разновидовое оперативно-стратегическое объединение, способное эффективно действовать на море, в воздухе и на суше. В его состав входят более 100 боевых кораблей, более 150 самолетов и вертолетов морской авиации.