Мина разработана в качестве устройства неизвлекаемости для мин и других инженерных боеприпасов, не имеющих собственного аналогичного устройства. Кроме того, возможно применение мины МС-3 в качестве мины-ловушки, противопехотной мины или взрывного устройства для детонации противотранспортных мин.
Мина оснащена взрывателем разгрузочного действия: подрыв происходит при снятии нагрузки (весом не менее 3 кг) с верхней крышки. В боевом положении мина должна быть постоянно нагружена, при смещении груза вверх на 3—5 мм происходит подрыв. При использовании в качестве устройства неизвлекаемости мина устанавливается под противотанковую мину или иной боеприпас, в качестве мины-ловушки — под предмет, привлекающий внимание противника или мешающий его продвижению. Взрыв мины-ловушки происходит при поднимании (сдвигании) предмета с крышки мины. Для усиления поражающего действия мине МС-3 может придаваться дополнительный заряд ВВ.

Тактико-технические характеристики мины МС-3:

масса — 550 г, корпус — пластмассовый, заряд ВВ (тротил) — 200 г,
диаметр корпуса — 110 мм, высота — 53 мм.

Срок боевой работы не ограничен, самоликвидатор отсутствует. Мина считается неизвлекаемой и необезвреживаемой.
Мины МС-3 широко применялись в Афганистане, а также в ряде других военных конфликтов, состоят на вооружении Российской Армии, поставлялись на экспорт в ряд стран СНГ и дальнего зарубежья.