Министр обороны России Сергей Шойгу принял решение вернуть летные учебные центры в подчинение Главкомата ВВС, пишет газета "Известия" со ссылкой на источник в военном ведомстве. При министре обороны Анатолии Сердюкове учебные центры планировалось передать под контроль департамента образования Министерства обороны России. Как отметил источник газеты, Шойгу полагает, что нецелесообразно укрупнять и переподчинять учебные центры ВВС.
Сердюков, находясь на посту министра обороны, планировал в 2013 году провести сокращение личного состава Главкомата ВВС России и передать 4-й Липецкий центр подготовки авиационного персонала и проведения войсковых испытаний Военно-научному центру в Воронеже, подчиняющемуся департаменту образования. Руководство новой структурой должна была возглавить Екатерина Приезжева, ранее занимавшая пост начальника департамента образования.
Такое решение вызвало у военных недовольство. В частности, ВВС не нравилось, что в прикладных и научно-исследовательских работах по боевому применению авиации им придется подчиняться гражданским специалистам департамента образования. Правда, как отметил источник газеты, планы Сердюкова не были оформлены в приказ министра, а значит Шойгу для их отмены тоже не придется подписывать дополнительный приказ.
В конце октября 2012 года сообщалось, что Главкомат ВВС России планируется сократить вдвое со 112 до 56 человек. Решение о сокращении было принято Николаем Макаровым, занимавшим тогда должность начальника Генерального штаба Вооруженных сил России. Часть функций Главкомата планировалось передать на уровень командований военных округов с одновременной реорганизацией управлений в отделы.